Nyere Tid 1798- nu

Efter den franske okkupation af Malta var det definitivt slut med Ordenens  militære magt, men ridderne så fremad og ikke tilbage; nu samlede man sine kræfter om udførelsen af Ordenens oprindelige formål: at hjælpe de fattige og syge.    Kravet fra Ordenens skytshelgen, Johannes Døberen, lød fortsat: ”Omvendelse til medmenneskelighed og at dele med de andre”.
 
Man fulgte således Ordenens kald, således som det var blevet forbillede i Vesteuropa, og det tilbageværende Ridderskab fortsatte uden tøven denne humanitære gerning.
 
Efter Maltas fald var ridderne splittet: omkring 30 franske riddere drog med Napoleon videre til Ægypten, andre gik i landflygtighed i Trieste sammen med von Hompesch, men den største gruppe rejste til Sct. Petersborg, hvor Czar Paul I oprettede et økumenisk storpriorat for netop de landflygtige riddere.
Qua Ordenes protektor havde Czaren været i kontakt med dele af Ridderskabet med henblik på militær hjælp, og det var derfor naturligt, at ridderne i Sct. Petersborg nu valgte Czar Paul som ny stormester; valget har været omdiskuteret, men selvom det nok ikke var helt efter statutterne, så havde begge parter en interesse i samarbejdet.
 
Paven godkendte aldrig valget, da Czaren ikke var romersk katholsk, var gift og i øvrigt ikke havde aflagt ridderløfte til Ordenen; ikke desto mindre anerkender man historisk Czar Pauls indsats som den, der reddede Ordenen, således at denne fortsat består.
Stormester von Hompesch i Trieste abdicerede 1799, og Czaren anerkendes da også som den 72. stormester de facto (1798-1801).
 
Efter mordet på Czaren i Marts 1801 udnævnte Paven i 1803 i forståelse med den fg. stormester og de russiske storpriorater en ny stormester, men efter dennes død i 1805 forblev posten i en længere årrække ubesat; Ordenen blev styret af stedfortrædende stormestre frem til 1879.
I sidste halvdel af 19. årh. steg interessen for Ordenens idealer og dermed tilgangen af riddere, således at den igen blomstrede op og kunne virke i pagt med de oprindelige tanker.
 
Siden Reformationen har der eksisteret en tysk protestantisk forgrening i Brandenburg (det senere Preußen) med en løsere forbindelse til Rom; denne har overlevet både Første og Anden Verdenskrig, og den står nu under protektion af den tyske Forbundsdag.
De til denne Ordensgren knyttede svenske og nederlandske komturier blev selvstændige efter sidste krig og er nu under protektion af de respektive monarker.
 
Det særlige økumeniske storpriorat (af 1798) fortsatte sit virke i Rusland, men måtte efter den store revolution i 1917 gå i eksil: de fleste i Frankrig (Paris), enkelte i USA.